jQuery・prototypeの共存

jQueryとprototypeを共存させるには、jQueryを先に読み込み、その下にjQueryのスクリプトを記述、最後にprototypeを読み込みます。
jQueryのスクリプトは、jQueryを実行する
$(document).ready(function() {

jQuery(document).ready(function($) {
に変更すればOKです。中身は$のままでかまいません。
記述例としては次のとおりです。

HTML